Z původní osady na křižovatce obchodních cest se postupem doby stalo významné město, jehož majitelé svými činy výrazně zasáhli do osudů celého království.
Polovina 13. století V listině z poloviny 13. století, která nemá přesné datum vydání, tehdejší majitel Třeboně Vítek z Klokot (1220–1265) z rodu Vítkovců, potvrzuje darování poloviny vsi Presnik cisterciáckému klášteru v rakouském Zwettlu. Mezi svědky latinské listiny je uveden plebanus de Vitknov – farář z Vitknova, později zvaného Třeboň.
2. polovina 13. století Vítkovi potomci Pelhřim a Ojíř získávají Třeboň zpět do majetku tzv. landštejnsko-třeboňské větve Vítkovců. V jejich držení byla dalších sto let.
Konec 13. století Třeboň roste v ohrazené městečko s vlastním farním kostelem sv. Jiljí a hrádkem ve vlastnictví Landštejnů.
1341 Třeboň je poprvé označena jako město s rychtářem a samosprávou.
Čas rozkvětu za pánů z Rožmberka, zlatý věk
Po roce 1366 Město kupují rožmberští bratři Petr, Jošt, Oldřich a Jan.
1367 Rožmberkové zakládají klášter augustiniánů a v místě kostela stavějí gotický chrám (dokončen roku 1390).
1376 Petr a Jan z Rožmberka udělují městu práva měst královských. Jan nechává přestavět tvrz na malý hrádek.
1379 V urbáři je uvedena nejstarší zmínka o vaření piva v Třeboni. Kromě 10 sladoven je doloženo také 75 domů uvnitř hradeb, dvě lazebny a osm masných krámů.
1423, 1425 Během husitských válek je Třeboň dvakrát neúspěšně obléhána husity.
Konec 15. století/počátek 16. století Za vlády Petra IV. z Rožmberka, zemského hejtmana a místokrále, dochází k obnovení slávy a prestiže rodu a začíná nebývalý rozkvět a hospodářský rozvoj Třeboně a okolí. Vedle těžby kovů se do popředí dostává rybníkářství. Štěpánek Netolický zakládá slávu zdejšího rybníkářství. Staví množství rybníků, které spojuje umělým vodním kanálem – Zlatou stokou a vytváří rybniční síť, která nemá ve světě obdoby.
1480 Král Vladislav II. vydává právo výročního sedmidenního trhu a nařízení o povinnosti vozů z Budějovic a Krumlova na Jindřichův Hradec jezdit přes Třeboň. Dalším významným zdrojem příjmů města je prodej soli a vaření piva.
Od počátku 16. století Postupná přestavba hradu na renesanční zámek.
1525–1527 Pod dohledem Štěpánka Netolického vzniká nové opevnění města, staví se hradební zdi a opravují brány.
1562 Požár celého města odstartuje sjednocení stavebního stylu měšťanských domů a přestavbu města do renesanční krásy. Na spáleništi bude vystavěna nová radnice s věží.
2. polovina 16. století Za vlády Viléma z Rožmberka (1535–1592) pokračuje rozmach rožmberského podnikání. Jako purkrabí pražského hradu byl Vilém druhým nejvlivnějším mužem po králi. Pod dohledem Antonia Ericera nechává přestavět třeboňský zámek, potvrzuje městu všechna práva a výsady a stanovuje pevný tržní řád. Přestavují se městské brány, opravují se hradby a staví se radnice. Regent rožmberského dominia Jakub Krčín z Jelčan a Sedlčan zakládá vedle četných mlýnů, pivovarů a ovčínů i další rybníky. Při samých hradbách Třeboně staví rybník Svět a poblíž města i největší český rybník Rožmberk.
1601–1611 Vilémův bratr Petr Vok z Rožmberka (1539–1611) přesídlí roku 1602 z Krumlova a učiní Třeboň sídelním městem rožmberského dominia. Nechává si sem převézt i bohatou knihovnu a starodávný rodový archiv. Když roku 1611 poslední pán z Růže bezdětný umírá, s ním vymírá celý slavný rod Rožmberků, s ním končí nejslavnější epocha Třeboně, zlatý věk.
Zlé časy válečné
Po roce 1611 Třeboň se podle dědické smlouvy dostává do rukou pánů ze Švamberka
1618–1622 Švamberkové se za stavovského povstání přidávají na stranu českých stavů a proto je jim majetek zkonfiskován a připadá císaři Ferdinandu II. a Habsburkům.
1618–1648 Období třicetileté války přivádí město na pokraj zkázy. Hospodářství je zpustošené, zámek vydrancován, rybníky zničené. Při velkém požáru Třeboně v roce 1618 vyhoří radnice, Hradecká brána a 83 domů. Městem prochází vojska stavovské i císařské armády.
V roce 1640 jej zastihne morová epidemie.
Do roku 1660 Město a panství zůstává v rukou Habsburků a císaře Ferdinanda III. a probíhá nekompromisní rekatolizace.
Za vlády dobrých hospodářů
1660 Zubožené panství a město získává dědičně i jako uznání zásluh ve válkách proti Turkům Jan Adolf ze Schwarzenbergu, schopný politik a diplomat.
18. století Za vlády rodu Schwarzenbergů nastává nový hospodářský rozvoj celého panství, rybníkářství, lesnictví a pivovarnictví. V okolí vyrůstá množství hájoven, velkostatků a seníků, které dodnes určují malebný ráz krajiny. Bohatí měšťané staví a přestavují své domy ve stylu baroka. O dodržování práva a bezpečnosti ve městě se stará rychtář, podřízený purkmistrovi a sboru konšelů neboli městských radních.
12. července 1781 Nepozorností řemeslníků na kostelní věži vzniká největší požár v historii města. Za 24 hodin shoří 71 domů i s radnicí a pivovarem. V kostele se propadá klenba a řítí se věž.
20. října 1785 V rámci josefínských reforem je zrušen klášter augustiniánů a klášterní budovy jsou využity pro kanceláře lesního úřadu.
1793 V Třeboni je zřízen úřad regulovaného magistrátu. Pracují v něm právníci dosazení státem, volení zůstávají purkmistr, radní a obecní starší.
1794 Město má celkem 271 domů a 181 měšťanů s měšťanskými právy a přibližně tři tisíce obyvatel. Z řemesel jsou nejvíce zastoupeni pláteníci, řezníci, ševci, krejčí, zedníci, tesaři, punčocháři a obchodníci s rybami.
8. dubna 1833 Je slavnostně otevřeno třeboňské divadlo, jedno z nejstarších měšťanských divadel v Čechách, kde v letech 1852 a 1856 hostuje i Josef Kajetán Tyl.
1849 Třeboň se stává okresním městem, vznikají nové úřady zeměpanské a prestiž města roste.
2. polovina 19. století Stavební činnost ve městě vrcholí přestavbou domu čp. 20 na záložnu a kanceláře městské správy, novostavbou městské spořitelny a novou podobou věže kostela sv. Jiljí.
V roce 1868 je založeno gymnázium a v roce 1898 postavena škola před Budějovickou bránou. Nastává velký rozvoj spolkové činnosti a je založena Občanská beseda, pěvecký sbor Pěslav, Sbor dobrovolných hasičů, Okrašlovací spolek a mnohé další.
Leden 1870 Do Třeboně přijíždí první vlak po nově vybudované železnici z Prahy do Vídně.
1874–1877 Rodina Schwarzenbergů nechává za rybníkem Svět vybudovat anglický park a svou rodovou hrobku v novogotickém slohu.
1881–1883 Učitel Václav Hucek staví novorenesanční jednopatrovou lázeňskou budovu a svými slatinnými a vodoléčebnými koupelemi a masážemi zakládá novodobou slávu třeboňských lázní, jejichž tradice sahá do 15. století.
Září 1884 Založení Klubu cyklistů třeboňských.
Září 1890 Třeboň postihla velká povodeň, došlo k protržení hráze rybníka Svět.
Počátek 20. století Staví se budova gymnázia, nádraží, městský park a Tyršovo cvičiště, zavádí se dokonalejší kanalizace a vodovod a v roce 1909 získává město novou dominantu v podobě vodárenské věže podle návrhu Jana Kotěry. Postupně se dláždí chodníky a staré plynové lampy se nahrazují elektrickými. Pod světskou hrází se budují nové sádky pro ryby.
20. léta 20. století Díky lázním a novému vlakovému spojení se Třeboň stává tím pravým místem k životu i vyhledávaným letoviskem. Vzniká vilová čtvrť pro místní střední vrstvy, staví se koupaliště Ostende a postupně se po celém městě objevují sportoviště – kluziště, tenisové kurty, veslařský klub, fotbalová hřiště atd. Vrchol své činnosti zažívá také třeboňský Sokol.
1939–1940 Město kupuje a rekonstruuje budovu slatinných lázní u Zlaté stoky.
40. léta 20. století Druhá světová válka je i pro Třeboňské ve znamení pronásledování a popravování, místní občané z řad židovské komunity jsou odvlečeni a umírají v koncentračních táborech. Zámek zabírá gestapo. V květnových dnech roku 1945 probíhá v Třeboni Na Kopečku jedna z posledních bitev války.
Pod vlajkou dvou republik
50. léta 20. století S novými politickými poměry se mění tvář města i životy jeho obyvatel. Na zámek je dosazena národní správa, Schwarzenbergové jsou nuceni odejít, majetky se zestátňují, do poklidného města vstupuje průmysl, staví se nové čtvrti a školy, rybníky se dostávají pod státní správu, je založen Lesní závod Třeboň a také JZD. Třeboňské lázně přebírá do své péče stát.
1952 Do Třeboně je přesídlena Hydrobiologická laboratoř Botanického ústavu Československé akademie věd.
1960 V Třeboni je založena Laboratoř pro výzkum řas. Je zrušen okres. Městu je udělen lázeňský statut.
1968–1975 Probíhá výstavba nového lázeňského sanatoria Aurora na břehu rybníka Svět.
1976 Historické jádro Třeboně je prohlášeno městskou památkovou rezervací.
1977 Třeboňsko je jako oblast mimořádného významu zařazeno do sítě biosférických rezervací UNESCO.
1979 Je vyhlášena Chráněná krajinná oblast Třeboňsko a založena její správa.
1980–1985 Do provozu je uvedena obchvatná komunikace Třeboně, dokončuje se stavba sportovní haly a veslařské loděnice, upravuje se sídliště Hliník. Otevírá se Hydrobotanické oddělení Botanického ústavu Československé akademie věd.
90. léta V období po sametové revoluci dochází k novému kulturnímu a společenskému rozvoji města, k navázání prvních kontaktů s městy Schrems a Gmünd a k přípravám založení česko-rakouského klubu. Je obnovena činnost Junáka, jsou přejmenovány ulice a náměstí.
1991 Město poprvé navštěvuje prezident Václav Havel.
1997 Třeboň je vyhlášena Historickým městem roku.
2002 Území Třeboňska postihují velké povodně.
2003 Třeboň se stává obcí s rozšířenou působností se správním obvodem, který zahrnuje 25 měst a obcí s více než 25 tisíci obyvateli.
2011 Třeboň a Jihočeský kraj se prezentují u Svatého stolce v Římě. Třeboňští pištci a zástupci Třeboně se účastní generální audience u papeže Benedikta XVI.
2017 Bertiny lázně a Lázně Aurora se slučují pod společnou značku Slatinné lázně Třeboň, s.r.o.
