Okolo roku 1250 získali toto území bratři Pelhřim a Ojíř z landštejnské větve Vítkovců zpět. Od roku 1341 se označuje jako město a od roku 1366 se objevuje i její český název vedle dosud užívaného Witigenowe a Wittingau (Vítkův Luh). V roce 1366 se vlastníky Třeboně a přilehlého panství stali bratři z Rožmberka, za nichž město nabylo na významu a bohatství. Následujícího roku založili Rožmberkové v Třeboni klášter, roku 1376 udělili městu tzv. právo měst královských a roku 1378 mu od krále Karla IV. vymohli výsadu na dovoz soli. Koncem 14. století se už město opevňovalo zděnými hradbami a příkopem.

Toto opevnění spolu se zesíleným hrádkem a s okolním bažinatým terénem vytvářelo z Třeboně téměř nedobytnou pevnost. Tak tomu bylo i v husitských válkách, kdy město odolalo mnoha útokům. Skutečný rozkvět města spadá do druhé poloviny 15. století za doby správy  Petra IV. z Rožmberka (1462 – 1523). V tomto období Štěpánek Netolický založil slávu zdejšího rybníkářství. Stejně významné  bylo i zřízení nového panského pivovaru roku  v r. 1505.

Největšího rozmachu dosáhla Třeboň v 16. a na počátku 17. století, zejména za vlády posledních dvou Rožmberků, bratrů Viléma a Petra Voka z Rožmberka, kteří se věnovali hlavně rozvoji rybníkářství a pivovarnictví. Nová éra budování a posilování významu celé oblasti je spjata s Jakubem Krčínem z Jelčan a Sedlčan. Od roku 1602 je Třeboň  dokonce hlavním sídlem Rožmberků.  Po smrti posledního Rožmberka Petra Voka v roce 1611 přešlo panství i město dědictvím do rukou Švamberků, kteří je později ztratili pro účast ve stavovském povstání proti Habsburkům. Habsburkové město vlastní v letech 1622-1660.

 V roce 1660 získal třeboňské panství Jan Adolf kníže ze Schwarzenberga. Město zůstalo v držení Schwarzenbergů až do dvacátého století.

Významné změny v životě města nastaly po první světové válce, kdy byl v rámci první pozemkové reformy všechen schwarzenberský hospodářský majetek převeden na stát. Po druhé světové válce pronikl i sem první větší průmysl (oděvní závod a zemědělská velkovýroba). Roku 1960 byl zrušen třeboňský politický okres a město obdrželo lázeňský statut.