Die Anfänge dieser reizenden sich mitten im teichreichen Flachland erstreckenden Stadt reicht bis etwa die Mitte des 12. Jhds., wo auf einem der Pfade, die den tiefen grenznahen Wald durchkreuzten, eine kleine heutzutage unter dem Namen Třeboň bekannte Marktgemeinde mit einem Herrschaftengehöft entstand. Die Tatsache, daß man die Stelle abstocken und ausroden mußte, gab der Gemeinde wahrscheinlich ihren Namen. Das ganze ausgedehnte Gebiet bekam der erste bekannte Mitglied des später reich verzweigten Vítek-Geschlechtes (Witigonen), der unternehmungslustige Vítek von Prčice vom König als Verdienst. Bald nach ihrer Gründung kam das Anwesen in den Besitz des Zisterzienserklosters im oberösterreichischen Zwettl (Světlá) über. Um 1250 gewannen die Brüder Pelhřim und Ojíř aus dem landštejner Zweig des Vítek-Geschlechts dieses Gebiet zurück. Um 1300 ist in Třeboň die von außen mit einem Wassergraben verstärkte Stadtbefestigung zu vermuten. Die Gemeinde entwickelte sich schnell und bereits im Jahre 1280 wurde die St.-Ägidius-Kirche erwähnt. Třeboň wurde zum Zentrum des sich erweiternden Dominiums. Im Jahre 1341 wurde sie als Stadt bezeichnet und seit 1366 kommt auch ihr tschechischer Name neben dem bisher gebrauchten Witigenowe und Wittingau (auf tsch. Vítkův luh) vor. 1366 wurden die Brüder von Rosenberg zu Besitzern von Třeboň und des umliegenden Dominiums, unter denen die Stadt an Bedeutung und Reichtum gewann. Bereits im folgenden Jahr gründeten die Rosenberger ein Kloster in Třeboň, im Jahre 1376 erteilten sie der Stadt das sog. Recht der königlichen Städte und1378 erwirkten sie ihr vom König Karl IV. das Privilegium für die Einfuhr von Salz. Ende des 14. Jhds. wurde die Stadt schon mit gemauertem Wall und Graben befestigt. Diese Befestigung zusammen mit gestärktem Kastell mit dem umliegenden Sumpfgelände machte Třeboň zu einer fast unbesiegbaren Festung. So war es auch während der Hussitenkriege, als die Stadt mehreren Anstürmen Stand zu halten vermochte. Das tatsächliche Aufblühen der Stadt fällt in die zweite Hälfte des 15. Jhds. Peter IV. von Rosenberg (1462 - 1523) mehr als seine Vorgänger schenkte Aufmerksamkeit dem Wirtschaften auf seinen eigenen Gütern und sein Untertan Štěpánek Netolický gründete den Ruhm der hiesigen Teichwirtschaft. Eine ebenfalls bedeutende Tat war auch die Errichtung der neuen Brauerei im Jahre 1505.
Den größten Aufschwung erreichte Třeboň im 16. und Anfang 17. Jhds., vor allem unter der Regierung der zwei letzten Rosenberger, der Brüder Wilhelm und Peter Wok von Rosenberg. Es wurde eine große Aufmerksamkeit der wirtschaftlichen Entwicklung des ganzen Dominiums geschenkt, am meisten jedoch der Teich- und Brauwirtschaft. Die Naturbedingungen des Beckens von Třeboň machten eine extensive Gründung von Teichen möglich, wodurch die ganze Wirtschaft des ganzen Gebietes gestärkt wurde. Die neue Aufbau- und Aufblühensära begann, als Jakub Krčín von Jelčany an die Stirn des gesamten Unternehmens der Rosenberger gestellt wurde. Die Wirtschaftsreformen Krčíns wurden in Třeboň und dessen nächsten Umgebung sichtbar. Seit 1602 wurde Třeboň sogar zum Hauptsitz der Rosenberger, damals des mächtigsten Geschlechtes in Südböhmen. Nach dem Tod des letzten Rosenbergers Peter Wok im Jahre 1611 kamen das Dominium und die Stadt als Erbschaft in die Hände der Schwamberger über, die sie jedoch wegen ihrer Teilnahme am Ständeaufstand gegen die Habsburger verloren. Das ganze Dominium wurde ihnen konfisziert und in den Jahren 1622 - 1660 war Třeboň im Besitz des Herrschergeschlechts derHabsburger. 1660 gewann Jan Adolf Fürst von Schwarzenberg das Dominium von Třeboň als Erachten seiner persönlichen Verdienste. Die Schwarzenberger, in deren Besitz Třeboň bis ins 20. Jhd. geblieben ist, gönnten der Stadt. Třeboň erholte sich von den Kriegswunden und mehreren verwüstenden Bränden, die beträchtlich das Antlitz der Stadt beschädigten. Zum Beleben der sonst ruhigen Stadt kam hier in der Mitte des 19. Jhds., als Třeboň zur Kreisstadt wurde. Eine weitere Anregung zu einem noch intensiveren Aufblühen des ganzen Gebietes war der Aufbau von wichtigen Verkehrsverbindungen, insbesondere der Eisenbahn mit Anschluß an Wien im Jahre 1871.
Wichtige Veränderungen im Leben der Stadt kamen nach dem Ende des 1. Weltkrieges, als im Rahmen der ersten Landreform der gesamte wirtschaftliche Besitz der Schwarzenberger auf den Staat überführt wurde. Der 2. Weltkrieg forderte seine Opfer auch in Třeboň. Nach dem Krieg ist hierher die erste größere Industrie durchgedrungen (ein Bekleidungsbetrieb und die landwirtschaftliche Großproduktion). 1960 wurde der politische Kreis von Třeboň aufgehoben und die Stadt hat den Kurstadtstatus erhalten.