Třeboň je střediskem oblasti, která má výrazně zemědělský charakter. Proto zde působí firmy, zabývající se pěstováním rozličných zemědělských plodin, chovatelé dobytka a na to navazující zpracovatelský průmysl. Dále zde působí firmy, které zemědělcům poskytují služby. V oblasti Stráže nad Nežárkou a Suchdolska se těží písek, který je dále zpracováván. Na několika místech se rovněž těží rašelina. Typickými hospodářskými odvětvími jsou lesnictví a rybářství, tradičními řemesly jsou sklářství, keramika a košíkářství. V tradici výroby třeboňského piva, započaté již v r. 1379, pokračuje současný vlastník třeboňského pivovaru, společnost Bohemia Regent a.s.
Významným odvětvím, které je pro Třeboň typické, je lázeňství. V současnosti je město Třeboň majitelem dvou lázeňských domů – starších Bertiných lázní poblíž historického centra a lázní Aurora na břehu rybníka Svět. Návštěvníci města mohou rok co rok ocenit narůstající počet ubytovacích zařízení, restaurací a dalších služeb, souvisejících s turistikou. Vzhledem k tomu, že Třeboň je jedním ze tří největších měst jindřichohradeckého okresu, je zde řada lidí zaměstnána také v rozličných úřadech, které vykonávají na území Třeboňska státní správu.
